Após um inicio de temporada repleto de esperanças, quando o clube fez uma boa campanha na Copa do Brasil e o título estadual, o Vitória começou a cair de produção devido a problemas de relacionamentos entre técnicos e jogadores, com isso, depois de integrar o G-4 da série A por algumas rodadas, o time acabou terminando a competição com a última vaga na Sul-Americana.

Na Copa Sul-Americana, o Vitória passou pelo Coritiba com dificuldades na primeira fase, mas acabou sendo eliminado posteriormente pelo River Plate-URU.

 

Confira a retrospectiva do Vitória nas competições que disputou em 2009:

 

 

1ª fase: ASA 1 x 1 / Vitória 1 x 1 ASA (pênaltis: Vitória 6 x 5 ASA)

2ª fase: Juventude 1 x 2 Vitória / Vitória 1 x 1 Juventude

Oitavas de finais: Vitória 3 x 0 Atlético-MG / Atlético-MG 3 x 0 Vitória (pênaltis: Atlético-MG 4 x 5 Vitória)

Quartas de finais: Vasco 4 x 0 Vitória / Vitória 1 x 1 Vasco

 

 

1ªfase: Vitória 2 x 0 Coritiba / Coritiba 2 x 0 Vitória (pênaltis: Vitória 5 x 3 Coritiba)

2ª fase: River Plate-URU 4 x 1 Vitória / Vitória 1 x 1 River Plate-URU

 

O Vitória em 2009 teve três treinadores, mas Vagner Mancini passou pelo clubes em duas oportunidades: Vagner Mancini, Mauro Fernandes, Paulo César Carpegiani e novamente Vagner Mancini. Além desses, Ricardo Silva atuou no intervalo de um técnico para outro.